Od listopadového převratu se odehrálo již několik desítek afér zaměstnanců státní správy souvisejících s lustracemi a se spoluprácí s komunistickou Státní bezpečností (StB). Nejvýznamnější kauzy uvádíme v následujícím přehledu.
Květen 1990 - Vídeňský týdeník Profil napsal, že šéf Československé strany lidové Josef Bartončík byl spolupracovníkem StB. Bartončík nakonec vysokou politiku opustil.
Březen 1991 - Na schůzi Federálního shromáždění byla zveřejněna jména poslanců - spolupracovníků StB. Byli mezi nimi Petr Burian, Josef Bartončík, Zdeněk Masopust, Jaromír Gebas, Lubomír Lédl, Jan Kavan, Rudolf Zukal, Vojtěch Filip, Boleslav Bárta a Václav Tomis. Většina z nich vědomou spolupráci popřela, soudili se a lustrační spor s ministerstvem vnitra, jako například Jan Kavan, vyhráli.
Podzim 1998 - Prezidentská kancelář zrušila návrh na vyznamenání bývalého starosty Vídně Helmuta Zilka poté, co se objevilo podezření, že spolupracoval s StB.
Prosinec 1999 - Vyšlo najevo, že předsedu Fondu národního majetku Jana Stiesse vyšetřuje policie kvůli podezření, že se prokazuje zfalšovaným lustračním osvědčením. Stiess opustil funkci. Nakonec jej soud zprostil obžaloby z padělání a pozměňování veřejné listiny.
Listopad 2001 - Několik desítek komunistických agentů pracovalo pod ministerstvem vnitra ještě před rokem 1998. Oznámil to ministr vnitra Stanislav Gross ve sněmovně při projednávání senátní novely zákona o zpřístupnění téměř všech svazků bývalé StB.
4. července 2006 - Předseda KSČM Vojtěch Filip podle rozhodnutí českobudějovického okresního soudu z roku 1992 vědomě spolupracoval s československou zpravodajskou službou, ale nevěděl, že služba organizačně patří pod komunistickou Státní bezpečnost. Filip soudu v roce 1992 podle rozsudku řekl, že vědomě pracoval pro československou vojenskou rozvědku. Nejprve popíral, že v 80. letech spolupracoval s jakoukoli složkou komunistického ministerstva vnitra, píše se v rozsudku. Svou výpověď změnil, až když byli zbaveni mlčenlivosti tři svědkové v případu.
9. února 2007 - Šéf české pobočky Interpolu Pavol Mihál byl veden jako spolupracovník StB. Vyplynulo to z vyjádření náměstka policejního prezidenta Oldřicha Martinů, který řekl, že důstojník ztratil předpoklady pro působení na policejním prezidiu a musí odejít.